Cintegabelle marquait la frontière du comté de Foix. Sa situation à une quarantaine de kilomètres de Toulouse , alors que coule à ses pieds l’Ariège, place toujours ce bourg à la limite de deux zones d’influence très différentes. Pour atteindre l’église, il faut gravir des ruelles escarpées. L’édifice, construit du XV° au XVII° siècle, offre une large façade de briques rouges, percée de deux porches romans jumeaux, et un clocher octogonal sur socle carré, tout à fait dans le style toulousain. L’église ne présente qu’une seule nef en style ogival qui renferme du beau mobilier, en particulier celui rescapé de l’abbaye voisine de Boulbonne à l’époque révolutionnaire dont l’orgue fait partie. L’orgue était déjà en place lors de la consécration de l’abbaye en 1742 par l’évêque de Mirepoix. La disposition du buffet, sa décoration, certains éléments de la tuyauterie le font attribuer à Moucherel à cause des ressemblances avec les instruments d’Albi et de Narbonne. Une restauration dans l’esthétique du XVIII° siècle fut décidée en 1981. Elle fut confiée aux facteurs J.-L. Boisseau et B. Cattiaux. La restauration du buffet était confiée à l’entreprise Férignac.
L’orgue restauré est inauguré en décembre 1989.